MFP支持数组矩阵操作。数组是由一列元素组成，元素之间由“,”分割开，整列元素由“[”和“]”所包围。考虑以下例子：[1, 2, 3+i]，[[1, 2, 3+i]]和[[4, 5], [sqrt(8.9), -i], [1.71, stdev(2,3,4)]]。在这些例子中，[1, 2, 3+i]是包含3个元素的一维向量（也是数组）， [[1, 2, 3+i]]是1*3的数组而[[4, 5], [sqrt(8.9), -i], [1.71, stdev(2,3,4)]]是3*2的数组。
为存取数组中的元素，编程人员需要使用索引。索引是由一列由“[”和“]”所包围的正整数所组成。例如，考虑一个数组变量a等于[[4, 5], [sqrt(8.9), -i], [1.71, stdev(2,3,4)]]，那么a[2,0]就是1.71，a[1]就是[sqrt(8.9), -i]，注意索引值都是从0开始。考虑另外一个例子，假设变量b是[1, 2, 3+i]，那么b[2]等于3+i，但b[0,2]则不合法。
从版本1.0.3开始，MFP语言能够支持矩阵的加，减，乘，除和转秩。比如，[[1, 2], [3, 4], [5, 6]] + [[2, 3], [4, 5], [6, 7]] = [[3, 5], [7, 9], [11, 13]]（矩阵加法），[[2, 3], [4, 5]] * 2 = [[4, 6], [8, 10]]（矩阵乘法），[1, 2] * [[3, 4]] = [11]（矩阵乘法），[[5,6],[7,8]]/[[1,2],[3,4]] = [[-1, 2], [-2, 3]]（矩阵除法）和[[2,3], [4, 5]]' = [[2,4], [3, 5]]（矩阵转秩）。注意在矩阵加减法中矩阵的维度必须相同，在矩阵乘法中，第一个操作数的最后一维的长度必须第二个操作数的第一维的长度。矩阵除法必须保证除数和被除数为同尺寸方阵。
不同于Matlab，MFP不支持在对矩阵元素赋值时自动改变矩阵的尺寸和维度。比如，假设一个数组变量a是[1,2]，那么语句a[1]=3是合法的但语句a[2]=3或者a[0,1]=3是非法的（因为超过了数组的尺寸和维度）。幸运的是，MFP有很多内建的和预定义的函数，使用这些函数能够访问和修改甚至超过矩阵尺寸和维度的矩阵元素。这样一来，使用者可以调用这些函数来增加矩阵的尺寸和维度。